Data Analysis/Network Analysis2 [Cytoscape] 2. Cytoscape 그래프 스타일링 이 글은 이전 글에 이어서 기본적인 그래프를 생성한 뒤, 원하는 대로 스타일링 하는 법에 대해 다룬다. 레이아웃 선택하기 위의 Layout 메뉴에서 다양한 layout을 선택할 수 있으며, 자동으로 node들을 배치해 준다. 나는 graphml 파일 속성에 Cluster ID를 넣어뒀기 때문에, Cluster대로 배치를 하고자 했다. Layout > Group Attributes Layout에 들어가면 본인의 파일 안에 있는 모든 속성들이 나타난다. 나는 cluster ID를 선택하여 레이아웃을 배치시켰다. 노드 색깔 입히기 이제 cluster ID 별로 색깔을 입혀보도록 하자. 왼쪽 탭에 있는 Style을 클릭하고, Fill Color를 확장시킨 뒤에 색깔을 입히고 싶은 Column 기준과 Ty.. 2023. 1. 10. [Cytoscape] 1. Cytoscape 설치 및 간단한 사용법 Cytoscape는 graphml 형식의 파일을 import 하여 네트워크를 만들 수 있는 GUI 환경의 오픈 소프트웨어이다. Cytoscape 공식 웹사이트에는 '복잡한 네트워크를 시각화하고 이를 모든 유형의 속성 데이터와 통합하기 위한 오픈 소스 소프트웨어 플랫폼이다. 생물 정보학, 소셜 네트워크 분석 및 시맨틱 웹을 포함하여 다양한 종류의 문제 영역에 사용할 수 있는 많은 앱이 있다.'라고 소개되어 있다. Cytoscape에서는 자동으로 node의 위치를 배정해 주기도 하지만, 직접 drag and drop으로 node의 위치를 편집할 수 있다는 장점이 있다. 아래 그림은 내가 참여한 논문 작업에서 Cytoscape를 활용하여 만든 그래프이다. 범례(legend)는 Cytoscape에서 따로 만들어.. 2023. 1. 10. 이전 1 다음 728x90 반응형
